V průběhu řešení projektů mezi roky 2017 a 2023 se postupně povedlo připravit a akreditovat čtyři studijní programy na fakultách životního prostředí a přírodovědecké, a tyto jsou nabízeny studentům, kteří absolvovali kompatibilní magisterské studium.
Studijní program Aplikované nanotechnologie je orientován na vývoj nových nanomateriálů, jejich charakterizace, modelování a nejrůznější aplikace od lékařství přes ochranu životního prostředí až do materiálového inženýrství. Studijní program Environmentální chemie a technologie je orientován na výzkum znečišťujících látek v životním prostředí, jejich transport a přeměny, metody pro jejich detekci, a také do technologií pro jejich prevenci (včetně nových recyklačních technologií) a odstraňování ze složek životního prostředí. Oba programy jsou akreditovány ve spolupráci s Ústavem anorganické chemie AV ČR, v. v. i.
Studijní program Aplikované iontové technologie, akreditovaný ve spolupráci s Ústavem jaderné fyziky AV ČR, v. v. i., a Centrem výzkumu Řež, s. r. o., je orientován na použití energetických nabitých částic při přípravě, modifikacích a analýze materiálů, s interdisciplinárním přesahem aplikací i do dalších oborů, jako jsou např. nanotechnologie, biologie apod.
Posledním akreditovaným programem je Landscape reclamation and ecosystem services, který je plně v anglickém jazyce. Program vychází z motivace vzniku Fakulty životního prostředí UJEP, tedy vychovávat odborníky k nápravě rozsáhlých environmentálních škod daných těžbou uhlí, nicméně je orientován moderněji a šířeji nejen na obnovu ekosystémů a jejich funkcí, ale např. i na klimatické otázky sekvestrace uhlíku nebo udržení vody v krajině či naopak na aplikaci historických zkušeností k dosažení udržitelnosti. UJEP zde spolupracuje s Ústavem výzkumu globální změny AV ČR, v. v. i. (CzechGlobe).
Významnou součástí rozvoje studijních programů byly i investice do výzkumného a přístrojového vybavení. Špičkové, a v některých případech i v rámci ČR jedinečné, přístroje umožní studentům realizovat vysoce odborný experimentální výzkum laboratorní i terénní, který je hlavní součástí doktorského studia. Zásadně ale rozšiřují i celkovou výzkumnou kapacitu univerzity, což se projevuje např. účastí týmů v mezinárodních výzkumných projektech nebo intenzivnější spoluprací s podnikatelskými subjekty i veřejným aplikačním sektorem, např. správou NP České Švýcarsko.
Projekty STUVIN (CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_018/0002735, Studium, výzkum a inovace – rozvoj přírodovědných a technických doktorských programů na Univerzitě J. E. Purkyně v Ústí n. L.) a INVUST (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_017/0002678, Rozvoj přístrojového vybavení pro přírodovědné a technické doktorské programy na J. E. Purkyně v Ústí n. L.) byly realizovány v rámci Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání a spolufinancovány Evropskou unií.