Atentát na zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha spáchali českoslovenští parašutisté vyslaní z Anglie 27. května 1942 v půl jedenácté dopoledne. O týden později, 4. června, SS-obergruppenführer a generál policie Heydrich na následky zranění zemřel. Nacisté rozhodli o tvrdých represích, mezi ně patřil i plán na vyhlazení Lidic. Významný podíl na jejich zničení měl ambiciózní státní tajemník úřadu říšského protektora SS-Obergruppenführer Karl Hermann Frank.


To, že pro ukázkový příklad zastrašovací akce byla vybraná malá středočeská vesnice Lidice, byla jen souhra nešťastných náhod. Jaroslavu Pálovi, majiteli továrny na baterie ve Slaném se 3. června dostal do rukou podezřelý milostný dopis adresovaný jedné ze zaměstnankyň továrny - Anně Marusczákové z Holous u Brandýska. V něm stálo: "Drahá Aničko! Promiň, že ti píši tak pozdě… Co jsem chtěl udělat, tak jsem udělal. Onoho osudného dne jsem spal někde na Čabárně. Jsem zdráv. Na shledanou tento týden a pak se už neuvidíme. Milan."

Pála, v obavě, že pisatel dopisu může být zapletený do atentátu, ho předal četnictvu, ti dopis postoupili gestapu. Marusczáková, která skutečné jméno svého milence neznala, při výslechu zmínila, že dotyčný ji poprosil, aby v Lidicích rodině Horákových vyřídila pozdrav od jejich syna.

Následovala razie v Lidicích a zatčení rodin Horáků a Stříbrných, o jejichž synech bylo známé, že slouží v československém vojsku v Anglii. Domovní prohlídky ani výslechy však neodhalily nic podezřelého.

Přítel Marusczákové byl odhalený a identifikovaný jako Václav Říha, dělník z Vrapic u Kladna. Protože byl ženatý a obával se, že jeho nevěra vyšla najevo, chtěl vztah s Marusczákovou ukončit, a poslal jí proto s pomocí spolupracovníků onen dopis, který měl vyvolat romantický dojem, že je zapojen do odbojové činnosti a že se odešel skrýt do křivoklátských lesů. Kladenskému gestapu bylo záhy jasné, že Říha, Marusczáková ani Horákovi nemají s atentátem na Heydricha nic společného; v Lidicích nebyl objeven žádný arzenál, vysílačky ani skrývané osoby a s tímto výsledkem bylo také podáno hlášení do Prahy.

Hermann Frank ve snaze posílit své postavení a získat jmenování novým říšským protektorem, se rozhodl využít Lidic jako ukázky svého "tvrdého postupu". Lidice měly být vypáleny a srovnány se zemí, dospělí muži zastřeleni, ženy uvězněny v koncentračních táborech a děti dány na vychování. Při Heydrichově pohřbu v Berlíně předložil svůj plán Hitlerovi a ten mu dal zelenou.

Navečer dne 9. června 1942 byly Lidice obklíčené jednotkami SS a německé policie a nikdo nesměl obec opustit. Starosta musel vydat veškeré obecní cennosti a obyvatelé začali být po půlnoci vyváděni ze svých domovů.

Muži starší 15 let byli shromažďováni ve sklepě a chlévě Horákova statku. Všechny cennější věci, koně, dobytek, zemědělské stroje byly shromažďovány a odváženy do sousedního Buštěhradu.

Ráno 10. června se na místo osobně dostavil K. H. Frank, aby dohlížel na likvidaci obce. Ženy s dětmi byly nejprve nahnány do místní školy, za úsvitu autobusy převezeny do tělocvičny kladenského gymnázia. Mezitím byly zdi stodoly v sousedství Horákova statku obloženy slamníky a matracemi (proti odraženým střelám) a přichystána popravčí četa. Lidičtí muži byli posléze vyváděni ve skupinách (zprvu po pěti, pak po deseti) na přilehlou zahradu a tam stříleni. Celkem jich na tomto místě bylo povražděno 173. Nejstaršímu bylo 84, nejmladšímu 14 let. Všechny domy včetně školy, kostela a fary byly polity benzínem a podpáleny.


V následujících týdnech a měsících byly zbytky vypálených budov vyhozeny do povětří, zničen hřbitov včetně exhumace zemřelých, vykáceny stromy (mimo jediné hrušně nedaleko potoka, která byla Němci považovaná za uschlou, sutí zavezen rybník a vše srovnáno k nepoznání. K odvozu suti byla na místě zbudována polní železnice. Dokonce bylo na několika místech posunuto koryto potoka, aby nic nezůstalo na svém místě. Prostor, kde stávaly Lidice, měl být učiněn holým polem a jméno obce vymazáno z map

Běsnění nacistů ovšem pokračovalo. Dne 16. června 1942 bylo na střelnici v Praze-Kobylisích popraveno dalších 26 lidických obyvatel: sedm žen a osm mužů z rodin Horáků a Stříbrných, uvězněných již dříve. Devět dospělých mužů, kteří byli osudné noci mimo Lidice (sedm v práci, jeden v nemocnici, jeden se několik dní skrýval v lesích) a dva chlapci, u kterých bylo při evidenci dětí dodatečně zjištěno, že již překročili věk 15 let.

Část dětí bylo vybraných k převýchově, zbývajících 81 bylo v červenci převezeno do vyhlazovacího tábora Chełmno a tam, pravděpodobně ještě téhož dne, usmrceno výfukovými plyny ve speciálním vyhlazovacím automobilu. Po válce se podařilo děti v německých rodinách a ústavech vypátrat a navrátit je jejich příbuzným, bylo jich pouze 17.

Sto osmdesát čtyři lidických žen, které bylo převezeno do koncentračního tábora Ravensbrück. V koncentračních táborech a při pochodech smrti jich zahynulo 53.

Josef Goebbels nebyl publicitou kolem vyhlazení Lidic v Říši příliš nadšen. Právem se obával, že to ve světě vzbudí nebývalý rozruch a že to uškodí pověsti Německa i v neutrálních státech. Města a obce v Mexiku, Brazílii, USA, Austrálii se na protest proti nacistickému barbarství přejmenovávaly na Lidice; jménem Lidice byly křtěny právě narozené děti.