Myšlenka atentátu se zrodila na podzim roku 1941 v Londýně a předběžně se i vybral termín, původně se měl uskutečnit na výročí vzniku republiky, 28. října. Úkol s názvem operace Anthropoid měli provést dva vybraní vojáci československé zahraniční armády - Jozef Gabčík a Karel Svoboda. Oba začali s intenzivním výcvikem, který se ale Svobodovi stal osudným. Zranil se a musel ho nahradit Jan Kubiš.
Další komplikace přišla při odletu parašutistů do protektorátu. Několikrát se musel odložit kvůli nedostatku letadel. Nakonec letadlo s výsadkáři vzlétlo 28. prosince 1941 z anglického letiště Tangmere Halifax. Let trval deset hodin, nad protektorátem byly husté mraky a sněžilo. Členové skupiny Anthropoid seskočili u obce Nehvizdy blízko Prahy, ačkoli měli být původně vysazeni u Plzně. Po počátečních problémech se jim podařilo navázat kontakt s příslušníky domácího odboje, nejvíce jim pomohla sokolská organizace.
Reinhard Heydrich, říšský protektor
Při hledání místa, kde by se mohl atentát nejlépe provést, padla volba na silnici pod Vychovatelnou v Praze-Libni. Protektor tudy téměř každý den projížděl ze svého sídla v Panenských Břežanech do úřadu. V ostré zatáčce nedaleko nemocnice Na Bulovce musel jeho vůz zpomalit a stal se snadným terčem. Parašutisté na něj 27. května krátce po desáté hodině čekali.
Ve chvíli, kdy se mercedes v zatáčce objevil, vběhl Gabčík do dráhy jeho jízdy a chtěl použít k likvidaci Heydricha samopal, ovšem ze zbraně žádná rána nevyšla. Na situaci bleskově zareagoval Kubiš a hodil na vůz granát. Ten dopadl na stupátko a explodoval, úlomky Heydricha vážně zranily. Exploze byla tak silná, že vyrazila okna i právě projíždějící tramvaji.
Protektor byl převezen do nemocnice na Bulovce, kde mu lékaři diagnostikovali zlomené žebro, protrženou bránici a poškozenou slezinu. Do Prahy byl narychlo povolaný Hitlerův osobní lékař, který Heydricha operoval. Začátkem června zasáhla protektorův organismus infekce a ta se mu stala osudnou. Heydrich zemřel v půl páté ráno 4. června.
Stanné právo
Atentát nezůstal bez následků. Okamžitě bylo vyhlášeno stanné právo a začaly masové popravy. Vůdce třetí říše Adolf Hitler dokonce chtěl nechat popravit deset tisíc nejvýznamnějších Čechů, a ztrestat tak zem za smrt třetího muže nacistického Německa. Od tohoto kroku Hitlera podle historiků zvrátila až potřeba klidu v protektorátu, který byl kvůli svému zbrojnímu průmyslu pro Německo nesmírně důležitý. Trest tak dopadl na obce Ležáky a Lidice. Byly vypálené a srovnané se zemí, muži postříleni a ženy s dětmi převezené do koncentračních táborů.
Parašutisté, kteří provedli atentát, a další výsadkáři se skrývali přes tři týdny. Nejprve byli v rodinách příslušníků domácího odboje, potom se ukrývali v kostele sv. Cyrila a Metoděje v pražské Resslově ulici.
Nakonec je zradil jeden z nich, a to Karel Čurda. Po těžkém boji zahynulo sedm parašutistů 18. června v pravoslavném chrámu Cyrila a Metoděje v pražské Resslově ulici. Nacistický teror vyvrcholil v červnu 1942 vyhlazením Lidic a Ležáků. Za dobu stanného práva, které skončilo 3. července 1942, zahynulo přes 3000 lidí.