Ovšem daleko složitější a dosud ne zcela vyjasněné je zákulisí operace Anthropoid. Tedy především to, kdo dal pokyn k provedení této akce.
Názory historiků se často liší.
Jedno je však jisté. Vztahy mezi protagonisty našeho londýnského zahraničního odboje, včetně Beneše, ale i s britskými institucemi, nebyly nijak ideální. Dnes by se asi řeklo „normální politické hrátky“. Jen s tím rozdílem, že tehdy šlo bezprostředně o životy.
A tak není v souvislosti s plánovaným atentátem od věci ani úvaha bývalého důstojníka SOE (Special Operations Executive – Správa speciálních operací), o tom, že odbojová hnutí vedou válku kvůli dosažení politických cílů. A těmi cíli nejsou vítězství nebo osvobození, ale získání nebo znovuzískání politické moci.
Samozřejmě, nikdo nevidí do tehdejšího myšlení, v období protektorátu již bývalého, prezidenta Beneše. Při svém rozhodování jistě vždy zvažoval řadu možností a alternativ. Ale byl to právě on, kdo spolu s dalšími protagonisty října 1918 v čele s T. G. Masarykem pomáhal vytvořit samostatný stát v intencích spolužití s více než třemi miliony Němců. Stát, který i vzhledem k tomu neměl šanci na delší existenci.
Při rozhodování mohla hrát roli i skutečnost, že se Heydrichovi brzy po příjezdu do Prahy v září 1941 podařilo „utužit“ morálku obyvatelstva a potlačit domácí odboj.
Často je také uváděn argument, že na Beneše tlačili Britové a Sověti a vyčítali mu malou aktivitu domácího odboje i to, že „československé“ zbrojovky naplno vyrábějí pro Třetí říši, zatímco jejich vojáci umírají na frontě.
Správnou odpověď by asi bylo možné sestavit z výpovědí šéfa SOE, Dr. Beneše a plukovníka Moravce, šéfa exilového československého vojenského zpravodajství. Ale tito pánové si „svá tajemství“ vzali s sebou na věčnost.
Po válce, v již obnoveném Československu, se k této akci z pochopitelných důvodů nikdo příliš nehlásil. A tak otázky, kdo všechno za atentátem stál, kdo dal pokyn k jeho provedení a zda byla tato izolovaná akce skutečně potřebná, zůstaly nezodpovězeny, nejen pozůstalým popravených. A není příliš pravděpodobné, že by se to ještě historikům podařilo.
Českoslovenští parašutisté Jozef Gabčík a Jan Kubiš tedy provedli 27. května 1942 atentát na zastupující říšského protektora Reinharda Heydricha. A to i přes varování domácího odboje do „Londýna“, že tento čin povede k brutálním represím na obyvatelstvu a k rozprášení odboje. Nevyslyšeli ani výzvu jednoho z jeho předních představitelů, Vladimíra Krajiny, který se jim osobně snažil jejich záměr z týchž důvodů rozmluvit. Byli to vojáci a měli své rozkazy. Nenáviděný tyran zemřel na následky zranění 4. června 1942.
O čtrnáct dní později - 18. června - zahynuli i hrdinní výsadkáři. Ti však byli při odletu srozuměni s tím, že s jejich návratem se nepočítá.
Vztek a běsnění Němců se obrátily především proti civilnímu obyvatelstvu. Heydrichiáda, jak se jedno z nejtemnějších období naší novodobé historie nazývá, měla katastrofální následky. Tak, jako velmi často v podobných případech, neselhala jen technika (zaseknutý závěr britského samopalu), ale i lidský faktor. Bylo vyhlášeno stanné právo. Domácím odbojářům a odvážným obyvatelům protektorátu, kteří parašutistům pomáhali, byly doslova v patách příslušníci Gestapa.
Následovalo zatýkání, výslechy, popravy. Několik set lidí bylo popraveno za přímou účast na pomoci parašutistům v koncentračním táboře v Mauthausenu a na střelnici v Kobylisích. Byly zmařeny životy příbuzných těch, kteří pomáhali, ale i lidí, kteří byli jen podezřelí ze schvalování atentátu. Byly vyhlazeny obce Lidice a Ležáky. Domácí odboj byl na dlouhou dobu prakticky zdecimován.
Německý teror nepřežil ani generál Alois Eliáš, bývalý předseda protektorátní vlády a exponent domácího odboje. Byl zatčen již 27. září 1941, v den jmenování Reinharda Heydricha zastupujícím říšským protektorem, a 1. října odsouzen k trestu smrti. Na žádost prezidenta Háchy o milost, kterou prostřednictvím samotného Heydricha podal přímo Hitlerovi, byla poprava odložena. Ale po atentátu již neměli Němci slitování. Generál Eliáš byl popraven v Kobylisích 19. června 1942.
Ať už ale bylo pozadí atentátu jakékoliv, zejména to, co po něm následovalo, významně zasáhlo i do života tehdy již nemocného Dr. Emila Háchy. Ten, jako státní prezident, se snažil v rámci svých omezených možností pomáhat kde se dalo. Mj. dosáhl propuštění zatčených studentů. Nic však nebylo zadarmo. Jeho zdraví, zejména to duševní, se v důsledku heydrichiády prudce zhoršovalo. Stal se loutkou v rukách okupačních vůdců. Jak trefně vyjádřil Václav Junek ve své velmi zdařilé publikaci „Emil Hácha“, stal se z něho muž, který obětoval vlastní čest.
Význam operace Anthropoid pro zviditelnění odporu obyvatel protektorátu proti tyranii byl jistě nesporný. V mnohém také přinesl výhodu pro jednání Beneše s vládami zemí protihitlerovské koalice. Je možné, že ho někdo mohl a může vnímat alespoň jako dílčí, zejména morální úspěch.
Na druhé straně utrpení ve válkou sužovaných zemích se tímto činem nezkrátilo a jejich osvobození neurychlilo.
Odpovědět si na otázku, zda tato operace stála za to nesmírné utrpení, které po ní v protektorátu následovalo, zůstává pak na každém z nás.