Vystudoval Vysokou školu chemicko-technologickou v Praze a poté pracoval v Praze ve výrobním podniku jako vedoucí investičního útvaru.
Od roku 1990 působil ve státní správě, v letech 1990 - 1992 na Úřadu vlády ČR jako odborný poradce místopředsedy vlády ČR se zaměřením na otázky ekonomické transformace. Od července 1992 působil v Úřadu vlády ČSFR jako ředitel odboru poradců místopředsedy vlády ČSFR.
V období transformace vlastnických vztahů v ČR zastupoval Miroslav Kalousek vládu ČR v několika řídících funkcích v hospodářské sféře: v letech 1991 - 1992 byl rozhodnutím ministra zemědělství členem dozorčí rady Jihočeských pivovarů, v letech 1992 - 1994 usnesením vlády ČR působil jako člen správní rady a jednatel Západočeských pivovarů. Roku 1994 byl usnesením Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR zvolen do funkce člena Prezídia Pozemkového fondu ČR, kterým byl do roku 1996.
Od ledna 1993 do ledna 1998 působil na Ministerstvu obrany ČR jako náměstek ministra, odpovědný za rozpočet a akviziční procesy.
V předčasných parlamentních volbách v roce 1998 byl Miroslav Kalousek zvolen do Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky za KDU-ČSL. Po svém opětovném zvolení v roce 2002 se stal předsedou Rozpočtového výboru Poslanecké sněmovny PČR (do roku 2005).
Na Sjezdu KDU-ČSL 2003 v Ostravě byl zvolen předsedou KDU-ČSL, tento post v roce 2005 na Sjezdu v Plzni obhájil. Předsedou KDU-ČSL byl do roku 2006.
Od ledna 2007 do května 2009 působil jako ministr financí ČR. Od ledna 2009 do května 2009 byl předsedou Rady ministrů financí EU.
V červnu 2009 z KDU-ČSL vystoupil.
V červnu 2009 Miroslav Kalousek spolu s Karlem Schwarzenbergem založil stranu TOP 09. Na Celostátním ustavujícím sněmu strany, konaném 27. a 28. listopadu 2009, byl zvolen 1. místopředsedou TOP 09.
V roce 2010 se po květnových volbách do PSP ČR stal poslancem a následně, po sestaveni vlády ČR, ministrem financí.
Ve volbách v roce 2013 obhájil post poslance PSP ČR.
Na 4. celostátním sněmu TOP 09, který se konal v Praze, byl dne 29. listopadu 2015 zvolen předsedou strany a nahradil tak Karla Schwarzenberga.