V létech 1990 – 92 byl poslancem FS ČSFR a předsedou KSČM. V roce 1995 se habilitoval docentem; v roce 2001 jmenován prezidentem Václavem Havlem profesorem Filmové a televizní režie, fotografie a nových médií.
Natočil 14 celovečerních hraných filmů a více než 30 televizních hraných filmů – k mezinárodně oceněným patří Zánik samoty Berhof, Schůzka se stíny; k divácky oblíbeným Řetěz, Skalpel, prosím, Dívka s mušlí, Sametoví vrazi. V roce 2006 v divadle Ungelt režie hry Picasso (V. Cibulková obdržela za hlavní roli výroční cenu Thálie; M. Kňažko získal užší nominaci). Člen Evropské filmové akademie, Společnosti F. Kafky, ČFTA. Od roku 2004 působí jako profesor na Universitě Jana Ámose Komenského na katedře mediální komunikace